福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，F(xiàn)FPE）的樣品代表了珍貴且來(lái)源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料，如何從這些樣品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技術(shù)有限公司針對(duì)FFPE樣品的高通量分析，建立了整套的SOP 標(biāo)準(zhǔn)解決方案，幫助廣大科研工作者更好的利用FFPE 樣本資源，進(jìn)行各類高通量組學(xué)分析。以下為公司利用微陣列芯片研究FFPE樣品的部分實(shí)驗(yàn)案例和解決。

 

使用芯片技術(shù)研究通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本，但是世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫(kù)中，其中絕大多數(shù)是FFPE樣品。如何獲得FFPE 樣本所蘊(yùn)藏的生物信息，如何利用分子生物學(xué)方法對(duì)FFPE 樣本進(jìn)行檢測(cè)，進(jìn)而針對(duì)FFPE 樣本進(jìn)行高通量組學(xué)分析就變得越來(lái)越重要。

 

 

樣本質(zhì)量是確保下游研究應(yīng)用(微陣列芯片、新一代測(cè)序，Real-Time PCR等)中獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)的關(guān)鍵。 FFPE 樣本質(zhì)量與樣本固定時(shí)間，儲(chǔ)存條件與儲(chǔ)存年限等密切相關(guān)。

 

 

 

采用NanoDrop、Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析儀進(jìn)行樣品質(zhì)檢工作。

 

石蠟樣本中提取的mRNA/DNA均為降解，除特殊要求外，只根據(jù)mRNA/DNA總量來(lái)判斷是否可以進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。

 

下表就針對(duì)幾種常見(jiàn)的微陣列芯片類型，推薦了相應(yīng)的起始材料及最低需求量。

 

 

 

 

上海伯豪公司研究人員使用芯片對(duì)快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應(yīng)的FFPE 樣本進(jìn)行了研究，得到了以下對(duì)比數(shù)據(jù)。

 

*使用芯片： Affymetrix Human U133 Plus 2.0

*FF（新鮮凍存，fresh frozen）樣品

 

*使用芯片：Agilent Human miRNA 芯片V16.0

*芯片質(zhì)控：gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15

*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig：去除背景信號(hào)，非質(zhì)控重復(fù)探針中位值變異系數(shù)百分比

 

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，在表達(dá)譜芯片的研究中，雖然FFPE樣本有明顯降解，但FFPE組織與新鮮冷凍組織在芯片上的平均檢出率和背景都差不多；在miRNA芯片的研究中，兩種樣品的各項(xiàng)芯片質(zhì)控指標(biāo)相當(dāng)；在CNV芯片的研究中，雖然新鮮冷凍組織的信號(hào)表達(dá)量較高，但兩種樣品的背景噪音值非常相近。

運(yùn)用FFPE組織樣品進(jìn)行高通量檢測(cè)，可以對(duì)存檔的標(biāo)本，進(jìn)行常規(guī)分析，從而進(jìn)行大規(guī)模回顧性研究。如需進(jìn)一步了解該技術(shù)，詳見(jiàn)鏈接：

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