腸道菌群是哺乳動物體內重要的代謝“器官”，影響著宿主的整體代謝，宿主代謝受自身基因和腸道菌群基因的雙重影響，宿主和菌群之間有著“共代謝”的過程。通過代謝組學方法來研究腸道菌群和宿主之間關聯的復雜代謝體系，作為一種相對全面、連續動態并無刺激的分析手段，它可客觀地檢測腸道微生物的代謝組分及濃度變化，展示腸道菌的代謝狀態。

腸道細菌能夠參與宿主代謝，與宿主構成共代謝關系。我們對尿液和糞便中的宿主-共生腸道菌代謝物進行檢測，苯丙氨酸代謝、脂肪酸代謝、糖代謝、嘌呤嘧啶代謝等。根據物質的化學結構類型進行分類，主要為苯類、吲哚類、碳水化合物類、氨基酸類、脂肪酸等類物質。腸道菌群代謝物的準確測定，在腸道菌群和宿主代謝互作的疾病機制及防控研究中意義重大，是該研究領域創新的基礎工具方法。

精確檢測糞便、尿樣及血樣中腸道菌-宿主共代謝產物，為研究代謝表型動態變化與微生物組成變化的相關性提供了平臺和分子機制的研究。通過分析菌群與宿主在代謝水平上的互相作用，挖掘這些代謝物的變化為疾病的發病、轉歸及預后等機制研究所提供的重要信息。該方法能夠專屬性檢測在人體參與菌群活動的關鍵代謝物，包括短鏈脂肪酸、支鏈氨基酸、芳香胺類、吲哚、有機酸等類別。

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