空間轉錄組技術不僅可以提供研究對象的轉錄組等數據信息，同時還能定位其在組織中的空間位置，對癌癥發病機制、神經科學、發育生物學等眾多領域的研究來說都具有重要意義。目前該技術主要適用于新鮮冷凍組織樣本，臨床通常使用的 FFPE（福爾馬林固定石蠟包埋）樣本資源無法得到更加有效的應用。目前針對 FFPE 樣本的空間基因表達解決方案，可以從 FFPE 樣本中以高靈敏度和高特異性分析相關基因的空間表達信息。
1、打破對新鮮冰凍樣本的局限性，使臨床上大量的 FFPE 樣本得到更加有效的利用；
2、RNA 模板連接（RTL) 探針集，具有高靈敏性和特異性，且探針集覆蓋了人和小鼠超過 18000 個基因；
3、可以結合更廣泛的病理信息和預后信息，篩選生物標記物、進行回顧性和縱向研究，揭示更廣泛更深入的生物學問題。
1、滿足組織貼片實驗（不脫片）；
2、RNA 完整性：DV200>50%。
通過生物信息分析直觀地展示 spot 分群和 spot 亞群在組織切片上的空間分布以及差異基因的空間分布。此外，還提供個性化需求分析等豐富的分析內容，包括單細胞數據與空轉數據的聯合分析等。
圖 基于 spot 的 cluster 分類（t-sne 圖）和 cluster 在切片上的分布
圖 海馬 marker HCPA 基因在切片上的表達分布（紅色區域表達量高）
圖 根據病理信息選擇特定區域進行分析（或者多個區域進行比較分析）
圖 不同細胞類群映射到切片上的結果
文章名稱：Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer
發表時間：2022 年 3 月
發表期刊：Immunity
影響因子：31.428
發表單位：法國索邦大學 Cordeliers 研究院
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