|
環(huán)境微生物多樣性檢測，是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究，通過對核糖體RNA高變區(qū)域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)進行 PCR擴增和測序...
|
|||||||||||||||||
| [發(fā)表評論] [本類其他服務(wù)] [本類其他服務(wù)商] | ||||||||||||||||||
| 服務(wù)商： 北京億鳴復(fù)興生物科技有限公司 | 查看該公司所有服務(wù) >> |
★實驗描述：
環(huán)境微生物多樣性檢測，是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究，通過對核糖體RNA高變區(qū)域（比如16S/18S/ITS等序列）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）進行PCR擴增和測序，然后分析相應(yīng)環(huán)境下微生物群落的多樣性和分布規(guī)律，對于研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源利用有著重要的理論和現(xiàn)實意義。
★服務(wù)內(nèi)容：
16S rDNA：編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結(jié)構(gòu)上分為保守區(qū)和可變區(qū)，保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，可變區(qū)反映物種間的差異。
18S rDNA：編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結(jié)構(gòu)上分為保守區(qū)和可變區(qū)。保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，可變區(qū)反映物種間的差異。
ITS1/ITS2：ITS1位于真核生物核糖體 rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物核糖體 rDNA 序列5.8S和28S之間。ITS區(qū)域進化速率是18S rDNA的10倍之多。
★服務(wù)流程：
- 擴增子測序?qū)嶒灹鞒蹋?/strong>
- 擴增子測序信息分析流程：
★技術(shù)優(yōu)勢：
★數(shù)據(jù)處理展示：
★擴增子測序樣品要求：
- DNA樣品：
- 樣品濃度、純度及總量的建庫要求
2）50ulPCR體系對應(yīng)產(chǎn)物總量至少100ng。
- 電泳圖
- 組織樣品
- 腸道內(nèi)容物/糞便微生物
2）糞便中有異質(zhì)固體或者含水量較高，樣本量應(yīng)在1g以上；
3）取樣本后最好立即凍存在-80冰箱，-20度冰箱次之。
- 土壤樣本
2）土壤中有異質(zhì)固體或者含水量較高，單次提取樣本量應(yīng)在1g以上；
3）取樣本后最好凍存在-80/-20冰箱，防止樣本內(nèi)菌群差異化增殖導(dǎo)致比例變化。
★樣品采集注意事項：
- 采集的標(biāo)本應(yīng)盛于無菌容器內(nèi)，確保所采集的標(biāo)本無外源性的污染；
- 根據(jù)目的菌的種類(需氧菌、厭氧菌等)采用不同的方法采集標(biāo)本；
- 所采集的標(biāo)本必須有代表性，遵循單一變量原則(健康與非健康疾病的不同類型、自身特質(zhì)等)；
- 采集量不得過少，否則提取的DNA量過少不能滿足后續(xù)實驗；
- 對樣本的來源、采集過程和方法等作詳細記錄。
★樣品采集及送樣建議：
1.糞便樣本
A.清晨采集動物的新鮮糞便樣品于無菌離心管中；
B.樣品帶回實驗室后分裝至5ml或更大體積的EP管或凍存管中(新鮮糞便樣品稱取2q置于5ml EP中即滿足單次提取)，10份；
C.迅速置于-80℃中冷凍3~4小時，然后轉(zhuǎn)移至-80℃中長期保存；
D.運送方式：干冰運輸。
2.腸道厭氧微生物(糞便樣品)
A.早晨采集動物新鮮糞便樣品，迅速將糞便樣本放于厭氧培養(yǎng)罐中，同時打開厭氧產(chǎn)氣袋，將裝有糞便樣品的厭氧罐和尿樣置于冰盒中，30分鐘內(nèi)運至實驗室進行樣品預(yù)處理；
B.樣品前處理:稱取糞便樣本3克。30ml無菌PBS，漩渦2min充分振蕩，200×g離心4min取上清干新的50ml無菌離心管中，沉淀重復(fù)操作三次;沉淀再次用30ml PBS洗滌，沉淀用10ml PBS重懸，分裝于2ml離心管中，10份，干冰上速凍，轉(zhuǎn)移至-80℃保存。
3.各種相關(guān)昆蟲、動物及相關(guān)組織
A.挑取昆蟲個體若干，用無菌水漂洗多次沖洗掉體表土壤顆粒，隨后用75% 酒精清洗蟲體體表并浸泡2min進行體表消毒，最后再用無菌水沖洗2次；
B.無菌條件下剪開蟲體，取出腸道，將中腸內(nèi)含物溶解于1mL無菌水中混勻放入無菌的2mL EP管中，10份，速凍，轉(zhuǎn)移至-80℃保存；
C.運送方式:干冰運輸。
4.水樣(海洋、湖泊、魚塘、自來水)
A.采用三點取樣法取樣，取湖水表層水，樣品用經(jīng)過滅菌的潔凈的純凈水瓶進行采集，采樣前用所采水樣將其反復(fù)沖洗數(shù)遍；
B用采集回來的水樣樣品1L通過0.22um濾膜真空過濾，水樣中的總微生物被富集在濾膜表面，然后將濾膜保存在5ml buffer(20 mM EDTA、400 mM氯化鈉、0.75 M蔗糖、50 mM Tris-Hcl(pH9.0))中，-80℃保存；
C.運送方式:干冰運輸。
★其他服務(wù)項目：
★項目一般流程：
聯(lián)系人：向經(jīng)理
電話：18611436926
QQ：1934850071
地址：北京市海淀區(qū)學(xué)院路35號院世寧大廈14層1405室
- BSI邀您參加蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)會
- 單細胞空間多組學(xué)技術(shù)論壇暨廣州站生信培訓(xùn)班報名中
- SBC單細胞及空間多組學(xué)實驗與生信分析培訓(xùn)班招生
- 小海龜發(fā)布百個橫向課題、千篇SCI-生命科學(xué)合作計劃
- 空間多組學(xué)研究策略及生信分析培訓(xùn)班火熱招生中
- SBC ToolBox云平臺VIP專區(qū)再添新模塊GSEA數(shù)據(jù)分析
- SBC芯云講壇：國家自然科學(xué)基金的準(zhǔn)備和申報技巧
- 第十期SBC單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組測序培訓(xùn)班報名通知
- scMega助力scATAC-seq數(shù)據(jù)與scRNA-seq數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析
- 非負矩陣分解NMF算法助力單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
- 深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)助力對腫瘤細胞鑒定及空間惡性區(qū)域的識別
- 腫瘤純度和倍性評估工具Sequenza的安裝和使用方法
- 單細胞高級分析百篇文獻結(jié)果展示匯總（六）
- 單細胞高級分析百篇文獻結(jié)果展示匯總（五）
- 使用SBC ToolBox 單細胞抖動圖模塊美化差異marker基因
- SBC ToolBox在Small RNA-seq定量數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用（下）
瀏覽該公司同類服務(wù)
