>> 深度空間蛋白質組服務流程

01 簽單前溝通

02 LCM樣品類型確認

03 形態學質檢HE

04 正式實驗
 

一、簽單前溝通

01 樣本類型

FFPE石蠟塊（建議1年內，3年也有成功經驗）、OCT包埋塊、FFPE膜切片、OCT膜切片（切片前溝通，需要特殊膜貼片）、客戶自行通過LCM技術獲得的切割組織（提供載體信息），在FFPE和OCT之間更推薦FFPE。

注意：

⏩ 由于LCM操作時所用切片需要提前黏附在特殊的膜上，所以不接受普通載玻片上的OCT/FFPE切片，如果客戶自行制備膜切片，公司可以提供這種膜以及操作protocol。

⏩ 如果客戶自行通過LCM技術獲得的切割組織，請提前溝通確認有關儀器、系統、膜材料等信息。這種組織會直接進行蛋白質提取、酶解、肽段質檢檢測和分析。

⏩ 膜切片和包埋塊目標截面的大小不得超過14 mm*45 mm。如下圖所示：

02 樣本背景信息

物種、器官、疾病、組織保存年限等。

03 預計LCM面積

根據LCM面積大小，建議3-5張連續切片，相同LCM區域合并。

04 樣品數量

樣品數、正式切片數。

05 ROl數量

客戶可根據形態學質檢HE染色圖進行第一次ROI圈選，確定反饋總ROI數量及每張切片的ROI數量。
 

二、形態學質檢

分以下兩種情況：

1、FFPE石蠟塊和OCT包埋塊，實驗室進行切片、HE染色并給出質檢報告，客戶可通過HE看圖軟件確認該切片是否有ROI所在區域，并進行區域預圈選。客戶同意并且實驗室評估客戶圈選區域具有技術可行性后方可進行正式實驗；

2、FFPE/OCT膜切片，實驗室選擇一張客戶送來的組織切片（玻片即可）進行HE染色并給出質檢報告，隨后與上述步驟相同。

注意：

⏩ 客戶的預圈選非常關鍵，實驗室會根據預圈選結果判斷正式實驗連續切片的數量（ROI內細胞過少時會將連續切片上相同的ROI合并為一個ROI）。

⏩ 由于顯微切割有較低的失敗率，所以建議客戶在預圈選時多圈選幾個ROI以作備用。
 

圖片解釋：

No1：正式實驗時，單張切片的1號圈選區域取樣進行蛋白檢測；

No2：正式實驗中，若1號圈選區域無法進行下游實驗，則取2號圈選區域（備份樣本）進行正式實驗；

No3+No4：正式實驗中，3號和4號圈選區域共同取樣合并后進行蛋白檢測；

No5：正式實驗過程中，取三張連續膜片的5號圈選區域的組織合并后進行蛋白檢測。
 

三、正式實驗

01 實驗室進行連續切片，其中一片進行HE染色，剩余切片制成膜切片

02 染色結果發送客戶

03 實驗室在正式膜切片上根據客戶要求圈出ROI，并進行LCM切割捕獲

04 收集到的切割組織進行蛋白質提取、酶解、質譜檢測和分析