高通量、自動化的從頭測序
精確的算法，提供de novo結(jié)果可信度打分，確保氨基酸水平的精確度
與database search整合，深度挖掘蛋白質(zhì)組的未知信息
支持CID、HCD、ETD/ECD 、EThcD、EAD等多種碎裂模式


精確度

碎片離子對的使用：de novo從頭測序使用由不同的碎裂方式（例如ETD/HCD）產(chǎn)生的成對的譜圖。每個互補的譜圖產(chǎn)生置信度de novo序列標(biāo)簽用來重構(gòu)一個肽序列，并對兩個譜圖進行優(yōu)化。

蛋白質(zhì)的序列可以由多肽的de novo測序結(jié)果中獲得。擁有直接的譜圖碎片離子證據(jù)的可靠的de novo多肽序列標(biāo)簽，可以用來組裝為蛋白質(zhì)序列。PEAKS de novo應(yīng)用到蛋白質(zhì)測序的最佳實例就是在抗體測序方面的軟件PEAKS AB--該軟件可依據(jù)質(zhì)譜二級譜圖所提供的譜峰信息全自動對抗體進行蛋白水平de novo從頭測序及序列拼接的工作，高效自動化地代替人工拼接，從而獲得目標(biāo)抗體的全序列，為研發(fā)工作帶來更大的便利和更好的準(zhǔn)確性。