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免疫共沉淀Co-IP實(shí)驗(yàn)流程及文獻(xiàn)中的結(jié)果解讀

瀏覽次數(shù):7414 發(fā)布日期:2023-1-4  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

What is Co-IP?

Co-IP全稱(chēng)Co-Immunoprecipitation,中文學(xué)名免疫共沉淀,是一種以抗體和抗原識(shí)別專(zhuān)一性為基礎(chǔ),用于研究蛋白質(zhì)之間相互作用的經(jīng)典方法。
 

通俗點(diǎn)來(lái)說(shuō),假設(shè)我們需要研究樣品中A蛋白和B蛋白之間是否存在一些相互作用,首先我們通過(guò)合適的方法處理樣本,將蛋白提取出來(lái)(同時(shí)不能破壞蛋白之間的相互作用),然后用預(yù)先結(jié)合了瓊脂糖珠或者磁珠的A蛋白抗體捕獲樣本中的A蛋白,那么與A蛋白結(jié)合的B蛋白也能一起沉淀下來(lái)。再將蛋白從珠子上裂解下來(lái),對(duì)B蛋白進(jìn)行檢測(cè),能檢測(cè)到,說(shuō)明B蛋白在之前的沉淀過(guò)程中隨著A蛋白一起被拉下來(lái)了,進(jìn)而證明二者之間存在相互關(guān)系。
 


How to do?

實(shí)驗(yàn)流程

 A few tips:
※ 如何理解文獻(xiàn)中的結(jié)果?


各名稱(chēng)解析:

IB:全稱(chēng)immunoblotting,即免疫印跡,也就是常規(guī)的Western Blotting,用于顯示目的蛋白。

IP:全稱(chēng)immunoprecipitation,即免疫沉淀,這一步主要是為了純化富集目的蛋白。

Input:全細(xì)胞裂解液,含有細(xì)胞內(nèi)所有的蛋白,可認(rèn)為是陽(yáng)性組。也就是處理完樣本得到的細(xì)胞裂解液,在做IP實(shí)驗(yàn)之前,需要先跑WB,確認(rèn)樣本中含有蛋白A和蛋白B。

Anti-A:A蛋白的免疫共沉淀抗體

IgG:Anti-A的同型對(duì)照抗體,即跟Anti-A同來(lái)源同種型,如Anti-A是兔來(lái)源IgG型,則同型對(duì)照抗體需要選擇Rabbit IgG
 

結(jié)果圖解析

該結(jié)果是為驗(yàn)證蛋白A與蛋白B是否存在相互作用。本實(shí)驗(yàn)一共分為兩大組:Input組及IP組,其中IP組又分為IgG組(陰性對(duì)照組)和實(shí)驗(yàn)組,并通過(guò)WB去驗(yàn)證蛋白A和B在每一個(gè)組里面是否存在。由Input組的條帶可以得到結(jié)論:蛋白A與蛋白B都是存在的,證明樣本處理提取蛋白的步驟沒(méi)有任何問(wèn)題。陰性對(duì)照IgG組和實(shí)驗(yàn)組平行進(jìn)行免疫沉淀實(shí)驗(yàn),結(jié)果蛋白A與蛋白B均沒(méi)有條帶,說(shuō)明利用IgG抗體沒(méi)有把蛋白A和B沉淀下來(lái),證明蛋白A和B與IgG沒(méi)有結(jié)合,排除了蛋白與抗體非特異性結(jié)合的可能性;而實(shí)驗(yàn)組蛋白A和B均有條帶,表示利用蛋白A的抗體進(jìn)行沉淀實(shí)驗(yàn),成功把蛋白A沉淀下來(lái)了,與此同時(shí)蛋白B也被沉淀下來(lái),進(jìn)而得到結(jié)論:蛋白A與蛋白B之間存在相互作用。
 

※  試劑盒寫(xiě)著50T,意思是能做50次Co-IP實(shí)驗(yàn)?

確切來(lái)說(shuō),試劑盒的50T代表著能夠完成50次免疫沉淀反應(yīng),而實(shí)際上免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)需要設(shè)置多個(gè)組別進(jìn)行對(duì)照驗(yàn)證,因此具體能夠完成多少次Co-IP實(shí)驗(yàn)由設(shè)計(jì)方案決定,一般至少需要設(shè)置陰性對(duì)照、陽(yáng)性對(duì)照、實(shí)驗(yàn)組三個(gè)組別。
 

※  預(yù)清除步驟的作用是什么?必須要進(jìn)行嗎?

這個(gè)步驟的目的是為去除樣本中可與protein A/G瓊脂糖珠非特異結(jié)合的蛋白質(zhì),減少干擾,非必做,如CoIP實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)有較多雜帶,可考慮做一下;但應(yīng)注意,選擇此步驟后,需要消耗瓊脂糖珠,后續(xù)能夠進(jìn)行免疫沉淀的次數(shù)也相應(yīng)減少。
 

※  陰性對(duì)照IgG組出現(xiàn)條帶是什么原因?
首先需要排除lgG和后續(xù)WB一抗同源導(dǎo)致的輕重鏈的干擾條帶(25kd和50kd附近);再者建議進(jìn)行預(yù)清除實(shí)驗(yàn)以排除Protein A/G的非特異性結(jié)合;再就是考慮lgG的問(wèn)題可以換用其他品牌lgG嘗試。

 

※  出現(xiàn)假陽(yáng)性結(jié)果該怎么排除?
假陽(yáng)性結(jié)果需要設(shè)置對(duì)應(yīng)的陰性對(duì)照組一一排除,假設(shè)實(shí)驗(yàn)組為瓊脂糖珠+抗體X+靶蛋白X+抗體Y+目的蛋白Y:
 

可能出現(xiàn)假陽(yáng)性結(jié)果的成因

對(duì)照組設(shè)置

瓊脂糖珠與X蛋白發(fā)生非特異結(jié)合

瓊脂糖珠+抗體X+抗體Y

瓊脂糖珠與Y蛋白發(fā)生非特異結(jié)合

瓊脂糖珠+蛋白Y

抗體X和目的蛋白Y非特異性結(jié)合

瓊脂糖珠+抗體X+蛋白Y

抗體的非特異性結(jié)合

IgG+蛋白X+蛋白Y


※  最后的實(shí)驗(yàn)結(jié)果是陰性的,是否能說(shuō)明兩個(gè)蛋白之間無(wú)相互作用?

對(duì)于內(nèi)源性Co-IP實(shí)驗(yàn),陰性結(jié)果不能百分百說(shuō)明無(wú)相互作用,也有可能是蛋白在細(xì)胞內(nèi)表達(dá)過(guò)低導(dǎo)致,因此建議先做過(guò)表達(dá)Co-IP作為對(duì)照。

發(fā)布者:愛(ài)必信(上海)生物科技有限公司
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標(biāo)簽: 免疫共沉淀 COIP
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