Proteomics of skin proteins in psoriasis: from discovery and verification in a mouse model to confirmation in humans.

KC Lundberg,Y Fritz.Molecular & Cellular  Proteomics,2015,14(1):109-119

文獻來源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25351201

研究背景：皮膚病是一種非常常見的慢性病，尤其統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)，約2-3%的人群會患上牛皮癬這種由免疫反應介導的炎癥性皮膚病，給病人的工作和生活帶來極大的困擾。有研究證明，牛皮癬與抗原特異性的T淋巴細胞有關(guān)，但是參與其中的抗原并不為人所知。

樣本來源：KC-Tie2牛皮癬小鼠模型

研究方法：基于LC MS/MS的Gel-Label free差異蛋白質(zhì)組學

驗證方法：qPCR，基于LC-MS/MS的Solution-Label-free（同樣的蛋白經(jīng)過兩次label-free結(jié)果，倍數(shù)有所不同哦，大家可以學習一下如果遇到這種情況時，應該如何挑選結(jié)果）

研究結(jié)果：

1.篩選出模型鼠和正常鼠皮膚樣本間的蛋白組變化情況。

Workflow summaries for the gel based label-free discovery and verification of target proteins approaches.

2. 利用RT-PCR，在mRNA水平對幾個重點關(guān)注的差異蛋白質(zhì)：Serpinb3b,KLK6,StefinA1,Slc25a5,Rab18等，進行了表達量的檢測，發(fā)現(xiàn)差異具有顯著性。

Candidate molecules identified from the gel-based label-free expression experiments are verified at the RNA level in control and KC-Tie2 mouse skin using qRT-PCR.

3. 利用臨床上牛皮癬病人和正常人的皮膚樣本（未展示），包括最初的角質(zhì)細胞（見下圖），對幾個差異蛋白進行了表達差異的確證。

Human psoriatic keratinocytes express higher levels of candidate gene transcripts compared with healthy control keratinocytes.

4. 最后利用免疫組織化學的方法，對幾個差異蛋白在組織內(nèi)的分布情況進行了檢測，進一步確定了差異的存在。

Candidate proteins identified from gel-based label-free expression analyses of KC-Tie2 mouse skin are increased in lesional psoriasis patient skin.

小編總結(jié)：

本文是一篇非常典型的利用蛋白質(zhì)組學Label free技術(shù)發(fā)表在《Molecular & Cellular Proteomics》的文獻。

在DIscovery階段，研究者先利用Gel-Labelfree差異蛋白質(zhì)組學方法，篩到了4種蛋白：stefin A1 (fold change 342.4)、slc25a5 (fold change 46.2)、serpinb3b (fold change 35.6) 和 kallikrein related peptidase 6 (fold change 4.7)。

在Verification階段，驗證方法一 —— qPCR，stefin A1 (fold change 7.3)、slc25a5 (fold change 1.5)、serpinb3b (fold change 17.4) 和 kallikrein related peptidase 6 (fold change 9)。

驗證方法二——利用solution-Labelfree差異蛋白質(zhì)組學方法驗證，stefin A1 (fold change 29000)、slc25a5 (fold change 1.3) 和 kallikrein related peptidase 6 (fold change 322)。

這種利用疾病動物模型聯(lián)合差異蛋白組的研究方法，對于進行疾病機制探究，并且篩選一些差異蛋白作為治療靶點非常地高效和有意義。
 

蛋白|修飾|代謝|脂質(zhì)|結(jié)構(gòu)確證

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