454測序協助發現皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少有關
為了確定病毒病原體對珊瑚健康衰退的影響，圣地亞哥州立大學的研究人員最近在Forest Rohwer博士的領導下，用454生命科學的Genome Sequencer系統對各種環境壓力下的Porites compressa珊瑚樣本進行了宏基因組分析。此項研究的目的是重現目前熱帶珊瑚棲息地的生態變化，如pH降低、養分增加、溫度升高，進而確定它們對珊瑚體內病毒群體的影響。這些實驗發現在環境壓力大的Porites compressa珊瑚中，一種類似皰疹的病毒呈現高豐度水平。有趣的是，病毒序列在無壓力、健康的樣品中幾乎檢測不到。
盡管珊瑚是熱帶珊瑚礁系統的主要建造者，但人們對它們的微生物學還知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培養的細菌和真菌上。454測序的覆蓋深度及無需克隆步驟，讓它成為無偏向性的大量樣品宏基因組研究的理想選擇。在這項研究中，Genome Sequencer系統鑒定了15,000多個與珊瑚相關的病毒序列，其中皰疹病毒是最常見的。第一作者Rebecca Vega Thurber提到，“目前獲得的大量全面的測序數據讓我發現，這種相似性在整個皰疹病毒基因組都具有廣泛且深度的覆蓋，而不是由于數據庫的偏向性。”Rebecca Vega Thurber之前是圣地亞哥ForestRohwer實驗室的成員，現在是佛羅里達國際大學生物學的助理教授。“更重要的是，這些序列讓我們用非傳統的方法去檢驗和證實了壓力引起這些皰疹樣病毒產生的假
說。”
454生命科學的總裁及CEO-Christopher McLeod表示：“Rohwer博士關于氣候變化如何通過誘導這個系統中病毒群體改變，從而影響熱帶珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我們很高興看到利用我們454測序系統的長讀長和高通量進行的宏基因組分析，能實現生物學全新領域的探索，如珊瑚病毒學，這在幾年前還無法實現。”
盡管還需要進一步研究來了解這些病毒如何影響珊瑚的生理，但現在已很清楚環境壓力不僅導致珊瑚共生體喪失以及細菌和真菌疾病，還引起皰疹樣病毒的增加，這些變化共同作用或許可以解釋伴隨著海洋溫度升高和污染增加出現的珊瑚礁大量死亡的原因。
454生命科學是羅氏應用科學旗下卓越的中心之一，開發并商業化了創新的454測序系統，用于超高通量的DNA測序。具體的應用包括基因組的從頭測序和重測序、宏基因組學、RNA分析和DNA目標區域的定向測序。454測序系統的特點是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對末端讀長超長且準確度高。454測序系統的技術已經催生個研究領域的幾百項經同行評議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋生物學、人類學、古生物學等多個方面。
盡管珊瑚是熱帶珊瑚礁系統的主要建造者，但人們對它們的微生物學還知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培養的細菌和真菌上。454測序的覆蓋深度及無需克隆步驟，讓它成為無偏向性的大量樣品宏基因組研究的理想選擇。在這項研究中，Genome Sequencer系統鑒定了15,000多個與珊瑚相關的病毒序列，其中皰疹病毒是最常見的。第一作者Rebecca Vega Thurber提到，“目前獲得的大量全面的測序數據讓我發現，這種相似性在整個皰疹病毒基因組都具有廣泛且深度的覆蓋，而不是由于數據庫的偏向性。”Rebecca Vega Thurber之前是圣地亞哥ForestRohwer實驗室的成員，現在是佛羅里達國際大學生物學的助理教授。“更重要的是，這些序列讓我們用非傳統的方法去檢驗和證實了壓力引起這些皰疹樣病毒產生的假
說。”
454生命科學的總裁及CEO-Christopher McLeod表示：“Rohwer博士關于氣候變化如何通過誘導這個系統中病毒群體改變，從而影響熱帶珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我們很高興看到利用我們454測序系統的長讀長和高通量進行的宏基因組分析，能實現生物學全新領域的探索，如珊瑚病毒學，這在幾年前還無法實現。”
盡管還需要進一步研究來了解這些病毒如何影響珊瑚的生理，但現在已很清楚環境壓力不僅導致珊瑚共生體喪失以及細菌和真菌疾病，還引起皰疹樣病毒的增加，這些變化共同作用或許可以解釋伴隨著海洋溫度升高和污染增加出現的珊瑚礁大量死亡的原因。
454生命科學是羅氏應用科學旗下卓越的中心之一，開發并商業化了創新的454測序系統，用于超高通量的DNA測序。具體的應用包括基因組的從頭測序和重測序、宏基因組學、RNA分析和DNA目標區域的定向測序。454測序系統的特點是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對末端讀長超長且準確度高。454測序系統的技術已經催生個研究領域的幾百項經同行評議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋生物學、人類學、古生物學等多個方面。
標簽：
454測序 皰疹樣病毒
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