離心機在微生物學診斷工作上，常被用作從被檢物料中分離出被檢微生物，并得到純培養（即單個一種微生物的培養物）。所以，一般要使用離心機對樣品開展離心分離，微生物的離心機分離培養方式是微生物學診斷中的一種關鍵操作方法。

分離單一微生物的方式有很多，常見的有下列幾種：
1、將被檢物料接種于適合微生物培養基，再于固體培養基表層生成的菌體中，選樣欲分離菌的單個菌體，移種于另一個適合微生物培養基中培養。由于1個菌體一般由1個細菌生成繁衍所產生，故培養出的細菌是單一的類型，即純培養。
2、用獨特的培養環境（如厭氧、二氧化碳環境等）分離細菌。
將被檢物料接種子易患動物身體內，使病原菌在動物身體內繁衍，隨后從動物身體內取物料運用離心機開展離心分離出需用的成份后培養。運用某一些細菌對一部分理化要素有獨特抵抗力，用理化方式處置接種物料，殺掉其它微生物而保留需用的細菌，再分離培養。

通常情況下，被檢物料用前兩種方式分離培養即可。如披撿物料污染比較嚴重，可首先用后兩種方式處置，再用前兩種方式得到純培養。

在分離培養操作中，嚴格執行無菌操作。全部用品、微生物培養基、試劑必須通過殺菌，并且不可以長期暴露于空氣中。嚴禁拿手觸碰或用口吹已殺菌的器皿內部。

按照被檢物料中也許存有的病原苗的特點，選取恰當的微生物培養基和培養條件：（溫度、氣體環境等）。開展不明菌的初次分離，最好是多使用幾種微生物培養基，如肉湯、鮮血瓊脂、麥康克瓊脂等，每一種微生物培養基接種數管，分別放到普通環境和厭氧環境中培養。通常通過24—78小時觀察結果，但還有一部分病原菌，需用培養較長時間才可以生成。

被檢物料通常無需處置，可以直接按種于微生物培養基上。當懷疑為有芽腦的病原苗時，可將被檢物料加生理鹽水磨碎，制成1：10乳劑（液體物料無須稀釋），置60-80℃水浴中20—30分鐘，以殺掉無芽胞的雜菌，隨后再接種于微生物培養基中。