肽在新型候選藥物的開發中發揮著獨特作用，填補了傳統小分子治療藥物與大分子蛋白質治療藥物之間的專業技術空白。肽類藥物的療效和安全性均優于小分子藥物，在人體內的耐受性也更高，此外，其工藝復雜性和生產成本低于蛋白質類生物藥物，作為一種有望應用于治療多種疾病的候選藥物，肽類藥物受到越來越多的關注。合成肽可用于研究細胞基質間的結構-活性關系，其本身也是具有療效的藥物。無論是采用固相肽合成工藝、溶液相肽合成工藝，還是從天然產物中分離，幾乎所有粗制肽混合物都相當復雜且需要進行純化。即使小心控制合成反應，也會不可避免地形成雜質，產物中還可能含有結構缺失、截斷或序列經過化學改性的變體（如裂解加合物或處理過程中形成的其他副產物）。

近年來，分析方法方面的技術進步對肽作為診斷技術和新興治療藥物的應用起到了推動作用。采用先進儀器運行分析方法可有效提高靈敏度和分離度并縮短運行時間，這些優勢均有助于我們在生產過程中節省大量時間。

有關合成肽的一大棘手問題是分離方法的開發。對于未來研究，純度和目標肽產率是影響實驗結果的關鍵因素。如前文所述，合成肽在合成、裂解和去保護過程中可能會產生數量相當多的雜質。應用分析級HPLC的方法開發原理可改善肽產物的分離效果。開發制備級純化方法運用的分離機制與開發小規模方法時需遵循的原則相同。色譜柱和流動相改性劑的選擇、溫度控制以及梯度優化是開發任何分離方法時都必須考察的內容。通過系統方法開發流程開發肽分離方法可顯著提高產物純度和收率。傳統的肽分離通常采用UV引導的色譜方法，而將質譜引導的分離方法與嚴謹的方法開發流程相結合，可以更加明確地區分目標肽與合成及裂解過程中形成的污染物，從而使純化過程變得更加輕松。

肽純化過程的要求
任何分離策略的目標都是在盡可能短的時間內純化盡可能多的樣品，同時達到后續實驗所要求的純度。對于需要合成多種肽的典型實驗室而言，制定適用于大部分樣品并且可根據需要進行簡單優化的標準純化方案將十分有用。若能在改變流動相組成、改性劑或柱溫時確保運行間的性能保持一致，將省去設置多組色譜柱的時間。這種提高收率和純度的方式既經濟又直接，且易于實施。理想的肽純化方案還會使用能兼顧分析級和制備級分離的穩定儀器。對于流速范圍較廣的通用型儀器，僅通過改用直徑匹配分離目標的色譜柱就能提高純化效率。綜合考量上述各因素可降低肽純化的整體成本。

肽分離工作流程
肽分離標準方案（圖1）的第一步是確定后續實驗要求達到的肽純度。通過粗制肽分析可合理估算樣品純度，結合該結果與后續研究所需的純肽量即可估算出載樣量。載樣量將決定制備色譜柱的規格，繼而會決定選定LC儀器的流速。
 

粗制肽分析完成之后的步驟是將方法幾何放大至具有相同填料的大規格色譜柱上用于分離。圖2中的放大公式展示了在不同規格色譜柱之間轉換分離方法時，色譜柱直徑、柱長、載樣量和流速之間的關系。梯度斜率表示為單位柱體積對應的溶劑變化百分比，而非單位時間內溶劑變化的百分比，可確保梯度方法從初始條件到最終條件的各個步驟輸送的柱體積數量始終相同，從而保持分離度一致。制備級方法必須包括一段用于模擬系統延遲的起始條件保持時間，具體將通過小規模分離確定，同樣以柱體積數量表示。制備型色譜分離完成后，將對收集到的餾分進行分析評估。純肽的后續處理應遵循用戶指南。
 

肽分離完全可以采用配備泵、進樣器、UV檢測器和餾分收集器的簡單液相色譜系統進行（圖3）。雖然并不是肽分離必須采用的技術，但質譜檢測可鑒定目標肽并減少分離之后需要進行分析的餾分數量。無法電離或難電離的化合物通常采用短波長UV檢測。相反，UV吸光性極差的肽通常可由MS輕松檢出。
 

純化過程注意事項
分離模式
由于不同肽的特性各異，分離可用的色譜模式也有許多選擇。盡管反相色譜是目前應用最廣的肽分離模式，但使用離子交換色譜或體積排阻色譜等替代選擇方法來分離某些肽會更加高效。這些替代技術也可與反相色譜聯用，制定專用于棘手樣品的兩步分離方案。

反相色譜
反相色譜因其重現性好、適用性廣的優勢被廣泛應用于多種類型化合物的分離，其中也包括肽的分離。非極性的C18-鍵合硅膠是相當常用的一類反相色譜柱填料。反相色譜流動相通常由水和可與水混溶的極性有機溶劑（例如乙腈或甲醇）組成，這種流動相會根據化合物極性從C18色譜柱上洗脫化合物。因此，肽本身的疏水性越強，它在C18色譜柱上的保留性就越好。

雖然C18是相當常用的反相填料，但其他一些鍵合相（C4、C8、RP18、苯基等）也可與基質顆粒鍵合，為優化化合物分離提供替代選擇性。硅膠是最早問世的反相色譜柱填料之一，但硅膠基質填料會限制分離速度、分離度、pH、溫度耐受性以及色譜柱載樣量。采用獲專利的*雜化顆粒技術開發的新型色譜柱基質顆粒能夠在更高的流速、溫度和pH下運行，同時提高選擇性、分離度、重現性并延長色譜柱壽命。
*美國專利號6,686,035 B2

離子交換
離子交換色譜從很早開始就被用于蛋白質及其他生物制劑的分離。由于組成肽的氨基酸帶有正電或負電，因此可采用離子交換色譜進行肽分離。經過官能化的天然聚合物樹脂（如瓊脂糖）和合成聚合物（如聚甲基丙烯酸甲酯(MMA)，或苯乙烯-二乙烯苯共聚物）是大分子分離的常用介質，因為這些填料可承受大規模生物處理的工藝周期和批次之間極為嚴苛的清潔處理。上述工藝采用的氫氧化鈉溶液會損壞小分子和小規模肽分離常用的硅膠基質填料。

離子交換劑可分為四種：弱陰離子交換劑、弱陽離子交換劑、強陰離子交換劑和強陽離子交換劑。陽離子交換模式用于保留并分離帶負電表面上的正電荷離子，而陰離子交換模式則用于保留并分離帶正電表面上的負電荷離子。強陰離子和強陽離子交換色譜柱可在較寬的pH范圍內(2–12)完全離子化，而弱離子交換色譜柱只能在較窄的pH范圍內(9.5–5.5)離子化。

相較于陰離子交換模式，陽離子交換模式更常用于肽分離，但具體選用哪種模式取決于肽序列。在pH小于3的條件下進行肽分離時，氨基酸側鏈羧基上的負電將被中和，同時N-端基團質子化，使得肽帶上正電荷，進而被吸引至陽離子交換色譜柱上的負電位點（圖4）。
 

反之，對于適合在pH 6-10的條件下進行分離的肽，應采用陰離子交換模式。在較高pH條件下進行陰離子交換時，肽上的羧基帶負電，因此會被吸引至陰離子交換色譜柱上的正電位點（圖5）。
 

為應用離子交換技術的肽分離方法選擇色譜柱和進行方法開發時，應遵循幾條一般建議。陰離子和陽離子交換模式均可使用，基本原則是：分離酸性肽采用陰離子交換模式，分離堿性肽采用陽離子交換模式。對于某些肽，可能需要反向運用該原則（尤其是分子量較大的肽），但必須通過調節pH使肽所帶的凈電荷與填料所帶的電荷相反。

無論極性如何，強交換劑都是肽色譜分離的首選。肽的帶電情況是序列和帶電側鏈所處微環境共同作用的結果。針對具體的肽序列，可通過小幅調整流動相pH來調節分離的選擇性。選擇性的小幅調整不會影響強離子交換劑的結合能力。

離子交換分離是作為兩步純化方案中的第一步還是作為單步分離方案用于制備實驗材料，會影響流動相和操作條件的選擇。如果離子交換分離的產物將通過反相色譜進一步純化，則可以采用蛋白質離子交換方案常用的緩沖液和洗脫條件，例如使用磷酸鹽或Tris緩沖液并采用氯化鈉梯度進行洗脫。產物中的鹽將通過后續步驟去除。

如果要通過離子交換法一步得到可用的肽，應謹慎選擇可通過凍干去除的揮發性緩沖液。甲酸銨是理想選擇，因為它具有分別對應銨鹽和甲酸鹽pK值的兩個緩沖區域。甲酸銨既可在pH 3-4的條件下用于堿性肽的陽離子交換色譜分離，又可在pH 9.25-10.25的條件下用于酸性肽的陰離子交換色譜分離。在pH恒定的條件下，可利用甲酸銨濃度逐漸升高的離子強度梯度來洗脫目標肽。另一方面，利用pH梯度進行洗脫則能夠省去通過凍干去除高離子強度緩沖液的耗時操作。同樣地，甲酸銨緩沖液是很好的起始緩沖液。采用陰離子交換劑分離酸性肽時的洗脫梯度為pH從高到低，采用陽離子交換劑分離堿性肽時的洗脫梯度則為pH從低到高。

體積排阻色譜
根據分子大小進行色譜分離的技術如今被稱為體積排阻色譜(SEC)，該技術可追溯至20世紀50年代。這種分離技術基于分子大小進行色譜分離，而非基于分子的帶電情況或極性等化學特性，過去也被稱作凝膠過濾或凝膠滲透色譜(GPC)。具有特定孔徑分布的固定相顆粒可阻止大于柱床孔穴的樣品分子進入，從而使其快速洗脫出來，小分子則會進入孔穴中并深入更復雜的結構，洗脫速度較慢。因此，大分子最先洗脫，小分子則根據其在溶液中的大小以降序順序洗脫出來（圖6）。SEC是一種低分離度技術，采用等度方法且運行之間無需進行平衡。色譜柱載樣量取決于樣品體積和濃度，而這兩個因素都會影響分離度。