定位儀經過搬動或長期不用后，使用前需先加以校驗。重點是檢驗電極移動架各滑尺是否保持直角，可用三角板測定各滑尺所成的角度是否是直角；各銜接部與螺絲有沒有松動；滑尺是否太松；檢查主框兩臂的平行情況；最后觀察固定頭的裝置兩側對稱程度，小框是否與主框平行。檢查儀器無故障后，可進行下列校驗性操作：

（1）將兩側耳桿柱旋松，在主框上前后滑動，然后再按照原規定刻度裝好，看兩側耳桿尖是否完全對正。

（2）取下一側耳桿，將一側電極移動架裝好，前后左右上下移動各滑尺，使裝在電極夾上的金屬定位針尖正對耳桿尖的中心，記下各滑尺的刻度讀數，再卸下移動架再裝上，并按上法測定耳桿尖的部位，記下三個滑尺的讀數，反復操作取平均數首先將放置水平的腦立體定位儀上的兩個滑道，按實驗的要求調節好合適的高度后。

（3）然后再用水平尺調正好兩個滑道的前后、左右水平。這時再把安置在滑道上的手動微推進器按上面的刻度調節垂直。

1.2 確定腦立體定位零點，小鼠腦定位的系統大致分兩種：

（1） 用耳間線中心定位，首先將兩個耳棒尖端在定位儀滑道中間部位彼此相接觸（兩個耳棒讀數相同），旋緊鏍絲。然后取下一側耳棒，另一耳棒不動。調節移動推進器，使校驗電極尖端與耳棒尖端的中心點相觸，即為A點（即耳間線中心點），并記下刻度值。然后，將推進器水平移動到門齒鉤的上方，將門齒鉤平面與校驗電極尖端相觸。這時就定出外耳道中心點與門齒牙板上面上沿之間的水平切面0點，記為H0。這時，動物的前囟和后囟基本處在一個水平面上，相差0-0.1mm。另外，規定耳間線中心點以上為+，向下為-；向嘴側為+，向尾側為-。

（2）用顱骨標志定位（常用前囟），即以前囟為嘴尾側0點，由前囟向嘴側為+，向尾側為-，其它與上面定位方法相同（圖示）。

 

（1）動物麻醉：小鼠，體重20-30g，稱重后以0.4%戊巴比妥鈉腹腔麻醉注射時必須緩慢，隨時注意動物狀態。

（2）小鼠頭部固定：將小鼠的門齒固定于腦定位儀上頜固定器，然后把一側的耳捧推入動物的外道后，使動物的頭在處于兩滑道正中。再將另一耳捧推入另一側的外耳道。這時觀察兩個耳棒的刻度一致后，將兩耳棒上的固定螺絲扭緊，在將牙齒固定器上壓鼻環壓下后扭緊（鼻環、耳棒的松緊度調節適宜為好），這時從各個方向推壓動物頭部"均不會出現移動。

（3）開顱鉆孔前的備皮：剪去動物頭部毛，用2%碘酒及75%酒精棉球作頭部皮膚的消毒，沿矢狀縫作一3cm長的皮膚切口，分離皮下組織，用雙氧水清潔顱骨表面的筋膜及肌肉并剝離，推開骨膜，暴露前囟、人字縫及矢狀縫。

（4）確定標準中線：將金屬定位針向下移動到矢狀縫上方后，再前后移動定位針，使定位針定位到前囟。

（5）小鼠海馬定位：用定位針在前囟后2mm, 矢狀縫旁開2.5mm處定位一點，即為海馬的平面位置，然后在此點上用鉆孔針在顱骨上鉆一小圓孔。

（6）注射藥物：小鼠海馬則位于該圓孔下2 mm，將1ml注射器吸入藥物安置到MC-5微操作儀上，操作儀器使注射器針頭由小鼠腦鉆孔處下降2mm時完成藥物注射到小鼠腦海馬處。

（7）制作腦組織切片：將小鼠腦制作成切片，顯微觀察小鼠腦中紅染料位置來驗證小鼠腦海馬中是否定位準確。