蛋白質組學服務
1 服務內容
多肽、蛋白質的電噴霧質譜分子量測定以及天然產物、生物大分子、有機分子的質譜測試和數據分析。按樣品類型分具體如下：
膠內酶解樣品：
樣品類型：SDS-PAGE膠條，2-DE 點膠塊
肽段制備：脫色 還原 烷基化 酶解 肽段提取和C18柱脫鹽純化
蛋白鑒定：nanoflow LC-MS/MS；300 µm ID C18RPC trap columns, 75µm ID×15cm C18 pepmep 100A. 流動相：A 0.1%甲酸 B 84% 乙腈 0.1%甲酸；LTQ或Orbitrap。
數據檢索：SEQUEST軟件，特殊物種請提供蛋白數據庫。
樣品類型：SDS-PAGE膠條，2-DE 點膠塊
肽段制備：脫色 還原 烷基化 酶解 肽段提取和C18柱脫鹽純化
蛋白鑒定：nanoflow LC-MS/MS；300 µm ID C18RPC trap columns, 75µm ID×15cm C18 pepmep 100A. 流動相：A 0.1%甲酸 B 84% 乙腈 0.1%甲酸；LTQ或Orbitrap。
數據檢索：SEQUEST軟件，特殊物種請提供蛋白數據庫。
酶解后蛋白樣品：
樣品類型：酶解后溶液肽段或凍干肽段
蛋白鑒定：nanoflow LC-MS/MS；300 µm ID C18RPC trap columns, 75µm ID×15cm C18 pepmep 100A. 流動相：A 0.1%甲酸 B 84% 乙腈 0.1%甲酸；LTQ或Qrbitrap。
數據檢索：SEQUEST軟件，特殊物種請提供蛋白數據庫。
樣品類型：酶解后溶液肽段或凍干肽段
蛋白鑒定：nanoflow LC-MS/MS；300 µm ID C18RPC trap columns, 75µm ID×15cm C18 pepmep 100A. 流動相：A 0.1%甲酸 B 84% 乙腈 0.1%甲酸；LTQ或Qrbitrap。
數據檢索：SEQUEST軟件，特殊物種請提供蛋白數據庫。
總蛋白酶解：
樣品類型：蛋白溶液或蛋白凍干粉
肽段制備：溶液內全蛋白酶解，還原 烷基化 酶解 肽段提取和C18柱脫鹽純化
蛋白鑒定：nanoflow LC-MS/MS；300 µm ID C18RPC trap columns, 75µm ID×15cm C18 pepmep 100A. 流動相：A 0.1%甲酸；B 84%乙腈 0.1%甲酸；LTQ或Qrbitrap。
數據檢索：SEQUEST軟件，特殊物種請提供蛋白數據庫。
樣品類型：蛋白溶液或蛋白凍干粉
肽段制備：溶液內全蛋白酶解，還原 烷基化 酶解 肽段提取和C18柱脫鹽純化
蛋白鑒定：nanoflow LC-MS/MS；300 µm ID C18RPC trap columns, 75µm ID×15cm C18 pepmep 100A. 流動相：A 0.1%甲酸；B 84%乙腈 0.1%甲酸；LTQ或Qrbitrap。
數據檢索：SEQUEST軟件，特殊物種請提供蛋白數據庫。
2 設備描述
LTQ™ Orbitrap™是由多級線性離子阱（LTQ）和靜電場軌道阱（Orbitrap）串聯組合高分辨質譜儀，是20年來離子阱質譜技術的重大突破，為小分子研究、藥物開發、蛋白質組學、代謝物鑒定和代謝體學提供了更出眾的性能。LTQ Orbitrap對在復雜混合物的成分檢測和鑒定中提供了更快速、靈敏和可靠的分析能力。在質量準確度、質量分辨率和常規、高靈敏MSn能力方面有出色的表現。
主要性能指標：
Max. Resolution： >100,000
Std Operating Resolution:60,000 @ m/z 400
Internal Standard - MS:< 2 ppm RMS with iLock
Internal Standard - MS/MS:< 2 ppm RMS with iLock
External Standard - MS < 5 ppm (typically 1-3ppm)
External Standard - MS/MS< 5 ppm (typically 1-3ppm)
Mass range:50 to 4000 Da;
split into low and high range,50 to 2000 and 200 to 4000Da
Sensitivity: Sub femtomole.
Max. Resolution： >100,000
Std Operating Resolution:60,000 @ m/z 400
Internal Standard - MS:< 2 ppm RMS with iLock
Internal Standard - MS/MS:< 2 ppm RMS with iLock
External Standard - MS < 5 ppm (typically 1-3ppm)
External Standard - MS/MS< 5 ppm (typically 1-3ppm)
Mass range:50 to 4000 Da;
split into low and high range,50 to 2000 and 200 to 4000Da
Sensitivity: Sub femtomole.
為了實現高通量的蛋白質組鑒定，為LTQ-Orbitrap質譜儀配備了多維色譜儀（EttanTM MDLC），從而實現了蛋白質多肽混合物從分離到鑒定的完美結合。
3 樣品提交
送檢樣品要求:
- 至少提供5-10pmol樣本量；如果是干粉，提供10ug，如果是溶液，請提供ug/ul的濃度，體積約30ul。若提供蛋白電泳膠條，請提供相應蛋白染色圖像照片；送樣時請在樣本提交表格中注明樣品的品名、來源、溶劑、濃度、目標分子量、聯系方式，以及樣品是否需要返還等。
- 樣品盡量不含無機酸堿、鹽、離子表面活性劑、去垢劑及難揮發性鹽。如果在樣本提取過程中使用高鹽、去污劑等化學試劑，請使Pierce PepClean C-18 Spin Columns (Cat. 89873)純化多肽。
- 酶解過程中所使用DTT可于-20℃冰凍保藏半年；碘乙酰胺(IAA)現用現配,不可重復使用；溶液配制要用Milli-Q級別的水配制；操作過程中要用進口無蛋白槍頭和離心管；操作過程勿帶乳膠手套，可用PE手套；多肽樣品制備好后，可于4℃短期保存3-7天，-20℃保存一個月
- 未知種屬請提供相應蛋白質數據庫，不提供全新蛋白測序(De novo sequencing)服務。
- 每周五、周六為對外服務時間，可跑樣本約26個。每個樣本機時兩個小時，數據庫檢索按每個樣本復雜程度由30分鐘至8小時不等。收到樣本的第二周周五出鑒定結果報告。如果質譜儀忙碌，報告時間順延。
- 可按要求提供DVD數據刻錄，本公司不負責保留數據。
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