蛋白質組學的常見樣品包括細胞樣品、組織樣品和體液樣品。細胞樣品包括動物細胞、植物細胞和真菌、細菌等微生物細胞，組織樣品包括動物組織和植物組織，體液樣品包括血清、血漿和尿液等。此外，蛋白質組學研究的樣品可以是來自蛋白質膠點、膠條、IP或Co-IP樣品、石蠟包埋樣品、外泌體、亞細胞等等。總之，凡是含有蛋白質組的都可以作為蛋白質組學研究的樣品。只是，不同的樣品用于蛋白質組學研究時所需的制備方法可能會有所不同。在后續使用質譜進行蛋白質組學研究時，樣品制備主要需要注意避免污染蛋白質以及使用與質譜儀兼容的試劑和溶液進行樣品制備。

樣品蛋白質組學

外泌體蛋白質組學
細胞表面蛋白質組學
石蠟包埋樣品蛋白質組學
亞細胞蛋白質組學

定量蛋白組分析
靶向蛋白質組學
4D蛋白質組學
DIA定量蛋白質組學
基于Label Free的定量蛋白組分析
基于標簽的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC
MRM/PRM定量蛋白組學分析
翻譯后修飾蛋白組分析
蛋白質組學生物信息學分析