宏基因組( Metagenome，也稱(chēng)微生物環(huán)境基因組 Microbial Environmental Genome, 或元基因組)是 1998 年由 Handelsman 等提出的，是環(huán)境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和，它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因，目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和真菌的基因組總和。以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對(duì)象，以功能基因篩選和/或測(cè)序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法，主要應(yīng)用于群落結(jié)構(gòu)分析、環(huán)境中的基因功能分析、以及發(fā)掘新物種。