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細菌基因組測序，可分為細菌基因組de novo測序和細菌基因組重測序兩類。
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| 細菌基因組測序分析 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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細菌基因組測序介紹 細菌基因組測序，可分為細菌基因組de novo測序和細菌基因組重測序兩類。細菌基因組de novo測序，即從頭測序是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對某個細菌物種進行測序，利用生物信息學分析手段對序列進行拼裝，從而獲得該細菌物種的基因組序列。細菌基因組重測序是對已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個體進行基因組測序，并以此為基礎進行個體或群體水平的差異性分析。可關注大量的單核苷酸多態(tài)性位點（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結構變異（Structure Variation，SV）等變異信息。細菌基因組測序可以預測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機制，已取代傳統(tǒng)方法成為研究細菌進化遺傳機制、關鍵功能基因的重要工具。
根據(jù)不同的研究目的和需求，細菌基因組測序可具體分為以下產品： 細菌重測序 構建小片段文庫，深度測序，基于已知參考基因組關注基因組變異情況（包括SNP和InDel等），可進行群體研究。細菌denovo測序 細菌框架圖：構建小片段文庫，采用高深度測序（100X）和初級的基因組從頭組裝策略，可滿足細菌基因組研究的基礎需求。細菌精細圖：構建大片段和小片段文庫，采用高深度測序（150X）和針對性的基因組從頭組裝策略，是目前細菌基因組研究的主導產品。 細菌完成圖：根據(jù)待測菌株具體情況量身定制最優(yōu)策略，構建不同大小片段及類型文庫，綜合利用多種高通量測序技術及組裝技術，最終組裝得到一條完整的基因組序列（1 Contig，0 gap），是細菌基因組測序從頭組裝的最高標準。
流程圖
結果示例  案例分析
案例：耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）全基因組測序揭示其傳播機制及系統(tǒng)發(fā)育
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.
 耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）是一種常見的引發(fā)醫(yī)院內感染的致病菌，本研究對泰國東北部一家醫(yī)院分離出的79株菌進行了全基因組測序，繪制了該菌的系統(tǒng)發(fā)育樹，并發(fā)現(xiàn)了多個不同進化支，據(jù)此推理出感染病人之間的MRAS傳播途徑。 技術參數(shù)
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