北京安必奇生物科技有限公司的DASS抗體氨基酸測序服務。
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北京安必奇生物科技有限公司的抗體測序平臺,采用DASS(Database Assisted Shotgun Sequencing)技術,結合現有技術的優勢,可對抗體進行分析。它是基于質譜技術打造的抗體測序平臺。除了能夠對抗體序列在10個工作日內完成例行測序外,這項技術還適用于其它亞型和不同形式的抗體,如:IgM,熒光偶聯抗體,固定化抗體,不同物種的抗體等。
北京安必奇生物科技有限公司作為抗體定制服務供應商,專注于單克隆抗體的生產和工程領域。利用多種抗體文庫技術(包括噬菌體展示、細菌展示和酵母展示)以及雜交瘤技術,實現對人、猴、兔、羊、雞、狗、駱駝、羊駝、牛、小鼠、大鼠、豚鼠及鯊魚的單克隆抗體生產。此外,在抗體大規模制備服務方面,能制備利用細菌生產的單鏈抗體、雙功能抗體、串聯scFv、miniantibody和Fab,以及哺乳動物細胞表達minibody、嵌合抗體和IgG。
一、平臺特點
北京安必奇生物科技有限公司采用DASS(Database Assisted Shotgun Sequencing ) 技術,通過使用質譜儀和數據處理算法,生成大量序列信息,進而運用計算程序對MS/MS光譜從頭測序,利用其內部數據挖掘工具使得我們從MS/MS光譜數據中提取目標抗體序列信息。
運用DASS技術對V、J、C片段測序
目前世界上的一些數據庫(如NCBI)雖然包含抗體V、J、C片段序列,但是在抗體成熟的過程中,一個B細胞中的抗體基因要經歷體細胞突變的過程才會產生高親和力的成熟抗體。我司的計算方法容錯率高,并能匹配相應物種的突變肽段。使得肽段都會被檢測到,而且每一個氨基酸位點都會生成20-27條MS/MS光譜,因此,對于難測序的高脯氨酸(proline)和精氨酸(arginine)肽段也可實現測量,而且不需要再進行額外的Edman測序來輔助測序。
CDR3區測序
抗體輕鏈的 CDR3 區多由胚系基因編碼,而重鏈的 CDR3 區則由 D 基因編碼。D基因大部分區域由于受到核酸酶及末端轉移酶等重組酶的作用而發生基因重排,導致抗體重鏈 CDR 區在數據庫中無法進行同源比對。一般來說,一個成熟的抗體只有 1-4 個氨基酸是由 D 基因編碼的,而其他序列都是基因重組排的結果,而只能對其進行 de novo 測序。
通過多種酶切來產生多種互相重疊的肽段,以測得較長的未知氨基酸序列。高質量的質譜數據域高效率的數據挖掘算法的結合,使我們對抗體CDR3 區域的解讀更為有力,最終可以測得數據庫中無同源序列的,20kDa的蛋白。
等重氨基酸測序
與其他基于MS測序方法不同的是,此技術平臺可以分辨大多數等重氨基酸復合物。
如:W 可從GE、AD、SV中區別出來(MS);
R 可從GV中區別出來(MS);
Q 可從GA、K中區別出來(Fragment spectra 和 MS);
N 可從GG中區別出來。