伯豪生物首例HD高分辨率空間轉錄組實驗已順利完成
2024年1月9日，10x genomics宣布空間轉錄組新品Visium HD芯片開始上市，這標志著10x空轉家族中真正的單細胞分辨率級別的空間全轉錄組測序產品正式問世。
4月試劑到達伯豪生物實驗室后經過一個月的培訓與測試，便開始進行實際項目上機實驗。今天，國內第一批HD空間轉錄組真實數據新鮮出爐。經過客戶的同意后，分享給大家一睹HD高分辨率空間轉錄組芯片的強大！
上機樣本為某特殊腫瘤樣本，兩張相同類型樣本同時上機，表格內結果為雙樣本結果均值。結果可見：共獲得678115個Bin（Spot），每個 Bin 平均鑒定到的 Reads 數為636.5，平均UMI數為130.3，鑒定到的總基因數為18009（人探針總基因數為18085，實際檢測到了18009個，證明捕獲效率非常好），整體結果很棒！
下圖展示了樣本HE圖及組織總UMI數與圖像對齊結果，可以看出除腫瘤壞死組織外，大部分區域的UMI數都在500以上。
visium HD芯片摒棄了以大直徑55um spot的設計，而是采用2*2um的正方形當做基礎分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細胞分辨率水平的空間轉錄組。目前HD芯片發布捕獲框大小是6.5*6.5mm的規格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。
兼容H&E染色以及IF染色
Visium HD空間基因表達兼容H&E染色以及IF染色。可在同一組織切片上進行高分辨率空間轉錄組學數據分析。
搭載Visium CytAssist獲得最好的數據
Visium HD將強大的全轉錄組空間基因表達與單細胞尺度分辨率結合起來，來發現每一微米組織中獨特的生物學特性。同時啟用 CytAssist 儀器，讓樣本在簡單的運行工作流中獲得最好的數據。
數據分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD具備一體化的數據分析模式，使用Space Ranger，可自動將空間基因表達信息疊加在組織圖像上，將原始fastq數據經過質控，比對，定量等步驟后轉為gene表達矩陣，供分析人員進行二級分析。還可以使用Loupe Browser進一步可視化和探索Visium HD的數據，同時兼容R和Python開發的生態系統繼續分析Visium HD數據。
Visium HD 芯片與基礎芯片技術比較
4月試劑到達伯豪生物實驗室后經過一個月的培訓與測試，便開始進行實際項目上機實驗。今天，國內第一批HD空間轉錄組真實數據新鮮出爐。經過客戶的同意后，分享給大家一睹HD高分辨率空間轉錄組芯片的強大！
全國首批Visium HD空間轉錄組項目
數據展示
數據展示
上機樣本為某特殊腫瘤樣本，兩張相同類型樣本同時上機，表格內結果為雙樣本結果均值。結果可見：共獲得678115個Bin（Spot），每個 Bin 平均鑒定到的 Reads 數為636.5，平均UMI數為130.3，鑒定到的總基因數為18009（人探針總基因數為18085，實際檢測到了18009個，證明捕獲效率非常好），整體結果很棒！
下圖展示了樣本HE圖及組織總UMI數與圖像對齊結果，可以看出除腫瘤壞死組織外，大部分區域的UMI數都在500以上。
樣本HE圖及組織總UMI數與圖像對齊
對數據進行降維聚類（8μm bin）后，共獲得10個Clusters. A組織Bin 8µm 降維聚類數據
本次上機HD數據均達到10x內部demo數據標準。
本次上機HD數據均達到10x內部demo數據標準。
10x visium HD產品介紹
無偏好性的單細胞分辨率visium HD芯片摒棄了以大直徑55um spot的設計，而是采用2*2um的正方形當做基礎分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細胞分辨率水平的空間轉錄組。目前HD芯片發布捕獲框大小是6.5*6.5mm的規格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。
單細胞分辨率進行全轉錄組基因表達分析--具有連續的組織覆蓋率
利用連續排列的捕獲區域（無間隙），探索整張組織切片中最細微的生物學信息。 兼容H&E染色以及IF染色
Visium HD空間基因表達兼容H&E染色以及IF染色。可在同一組織切片上進行高分辨率空間轉錄組學數據分析。
搭載Visium CytAssist獲得最好的數據
Visium HD將強大的全轉錄組空間基因表達與單細胞尺度分辨率結合起來，來發現每一微米組織中獨特的生物學特性。同時啟用 CytAssist 儀器，讓樣本在簡單的運行工作流中獲得最好的數據。
數據分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD具備一體化的數據分析模式，使用Space Ranger，可自動將空間基因表達信息疊加在組織圖像上，將原始fastq數據經過質控，比對，定量等步驟后轉為gene表達矩陣，供分析人員進行二級分析。還可以使用Loupe Browser進一步可視化和探索Visium HD的數據，同時兼容R和Python開發的生態系統繼續分析Visium HD數據。
Visium HD 芯片與基礎芯片技術比較
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