SBC ToolBox VIP專區(qū)再添新模塊—GSEA，GSEA(基因集富集分析)，基因在差異比較中表達的上下調與富集分析的碰撞，尋找出與差異上調或者下調密切相關的基因條目（GO、Pathway等）。與經(jīng)常使用的GO、KEGG富集分析不同，GO、KEGG富集分析不考慮基因表達變化程度，GSEA把基因表達值作為考慮因素，也可以把全部表達的基因進行富集分析。一般情況下可以使用GSEA官網(wǎng)提供的客戶端進行基因集富集分析，詳細的操作步驟也可以在官網(wǎng)找到。SBC ToolBox使用R包進行GSEA數(shù)據(jù)分析，其具有輸入數(shù)據(jù)更簡潔，分析速度更快的特點。

GSEA官網(wǎng)鏈接：

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
 

登錄GSEA模塊

a) 可以在SBC ToolBox導航頁面的VIP專區(qū)找到GSEA模塊。

b) 也可以直接登錄站點：

https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/gsea/

c) 與單細胞和空間轉錄分析一樣，此分析模塊為VIP模塊，請老師登錄注冊，審核通過后會以郵件和短信的的方式發(fā)放登錄信息。

登錄地址：

https://www1.shbiochip.com/sbc/regvip.jsp
 

SBC ToolBox GSEA都有什么？

a) 內嵌MSigDB九大經(jīng)典數(shù)據(jù)集

i.  H: hallmark gene sets：結合手動篩選和自動化計算方法生成的50個hallmark基因集，包含了細胞組分、發(fā)育、DNA損傷、免疫、代謝、通路、增值、信號相關的基因集。

ii. C1: positional gene sets：基因位置信息基因集。

iii. C2:curated gene sets：精選數(shù)據(jù)集包含了經(jīng)典通路和化學及遺傳擾動相關基因集。

iv. C3:motif gene sets：轉錄因子，miRNA靶基因調節(jié)相關的基因集。

v. C4:computational gene sets：對癌癥相關的基因芯片數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)挖掘的癌癥相關基因集。

vi. C5:GO gene sets：GO基因集。

vii.C6:oncogenic signatures：致癌相關特征基因集。

viii.C7:immunologic signatures：免疫相關特征基因集。

ix. C8:cell type signature gene sets：細胞類型相關特征基因集。

b) 自定義數(shù)據(jù)庫

i.  感興趣的基因集不在內嵌數(shù)據(jù)庫中，可以將自有數(shù)據(jù)庫上傳GSEA模塊進行基因集富集分析。

ii. 手搓數(shù)據(jù)集，老師自己收集組成的數(shù)據(jù)集也是支持的，但是比附符合以下格式。

iii. SBC ToolBox GSEA模塊自定義數(shù)據(jù)集格式：

一共兩列：第一列為基因集條目名字，第二列為數(shù)據(jù)集條目名字對應的基因集GeneSymbol名字，這里的自定義數(shù)據(jù)集僅支持.xlsx格式的文件。

注意：一個基因集條目對應多個基因，多個基因集條目組成GSEA分析參考基因集。

c) 可視化

i.  對GSEA結果進行基因集條目展示。

 
SBC ToolBox GSEA怎么使用

a) 數(shù)據(jù)準備及上傳

i.數(shù)據(jù)準備：.xlsx格式包含兩列，第一列為GeneSymbol（該列與基因集中的GeneSymbol一致），第二列為差異倍數(shù)的log2變換。

ii.數(shù)據(jù)上傳：側邊欄點擊MSigDb GSEA組件，直接將數(shù)據(jù)點擊上傳或者拖拽下面紅框中，此接口為MSigDb和自定義數(shù)據(jù)集的統(tǒng)一數(shù)據(jù)上傳接口。

b)MSigDB GSEA參數(shù)調整

i.物種選擇：下拉菜單欄，可供選擇的為Human、Mouse及Rat三種物種。

ii.數(shù)據(jù)庫選擇：MSigDb數(shù)據(jù)庫的九個基因集，詳細內容見MSigDB九大經(jīng)典數(shù)據(jù)集詳解。

c)MSigDB GSEA分析及結果展示保存

i.點擊提交分析按鈕，程序運行，下圖黑色區(qū)域小花花轉圈圈，表示正在分析。 

ii.完成分析，會彈出完成對話框，默認會展示兩個條目的GSEA展示，及GSEA富集分析結果表格。

iii.結果保存，一共可保存三項，1，GSEA富集表格。2，GSEA Top2富集條目展示，3，GSEA 結果.RDS文件，可用于可視化結果。

d)自定義數(shù)據(jù)庫分析

i.在下圖紅框中上傳自定義數(shù)據(jù)集，這里不用選擇物種，需要注釋差異基因的GeneSymbol與基因集的GeneSymbol需要一致。

ii.點擊提交分析，分析過程及結果展示與MSigDb GSEA一致，可以保存自定義數(shù)據(jù)庫的GSEA結果。

e)可視化，GSEA保存的.rds文件做為上傳數(shù)據(jù)進行結果可視化。

i.默認結果展示：

ii.展示單個條目，并調整顏色，這里的條目序號與表格：

iii.調整展示類型及取消顯著性

iv.可視化結果詳解

v.與上調相關的條目展示

vi.與上調相關的條目展示

完成以上步驟，您的GSEA數(shù)據(jù)分析就妥妥完成了。各位老師同學趕緊開啟您的SBC ToolBox云分析之旅吧！SBC ToolBox 是您科研路上的好搭檔，好幫手，助您在科研道路上披荊斬棘。