血液作為臨床研究中重要的研究標本,具有易于采樣、安全性高、蛋白分子含量豐富、可反映機體生理和病理狀態等特點,在疾病早期診斷、預后指導等生物標志物研究方面具有重要的研究價值。隨著質譜技術的發展,基于質譜的血液高通量蛋白質組學正逐漸成為研究血液蛋白質的強有力的技術方法,在腫瘤研究,免疫疾病,心血管代謝性疾病,生殖領域等均成為不可或缺的研究工具。近幾年血液蛋白質組的發文數量也呈逐年上升的趨勢。
但是血液由于其蛋白分布動態范圍廣(跨越10個數量級)、蛋白含量分布不均勻(高豐度占了絕大部分比例、低/超低豐度蛋白占比非常少),且質譜的靈敏度有限的原因(目前不做處理的質譜檢測范圍仍然高及中豐度蛋白為主),因此蛋白組學方法對血液蛋白,尤其是發揮功能性作用的低豐度蛋白的檢測存在著極大的挑戰性。
現中科新生命推出多維立體血液蛋白質組學方案:血液超大隊列蛋白質組、血液外泌體蛋白質組、血液 N-糖肽蛋白質組以及靶向 OLink 蛋白質組,從蛋白、修飾、外泌體等多個研究維度提供全方位解決方案。今天主要講的就是中科新生命推出的血液蛋白質組的新產品----深度血液4D-DIA蛋白質組。那這款產品是什么呢?主要的特色哪些呢?下面跟隨小編一一揭曉。
實驗流程圖
02 產品特色
·高深度:1500-2000+超高深度中低豐度蛋白鑒定
目前對于血液蛋白的深度質譜分析,主要方法是通過去血清高豐度和分級的方式,小樣本規模可實現較高的深度鑒定,但是樣本數量達到上百例后,對于實驗流程和質譜上機的穩定性提出了更高的要求。對于既能滿足鑒定深度又能兼顧大隊列的穩定性的需要,一直是我們追求的方向。中科新生命新推出的深度血液4D-DIA蛋白組采用最新的富集方法+DIA全息掃描+ Spectronaut 16權威分析軟件,實現了血液中低豐度蛋白的超高深度鑒定。
中科新生命內測數據如下所示,通過樣本制備方法的優化、質譜方法以及數據分析全流程的全新升級,單個血液樣本可以突破1500個蛋白的鑒定,最高鑒定數量接近2800,大大提升了血液蛋白的檢測深度,且低豐度蛋白的覆蓋程度達到90%以上,非常適合臨床研究中對于血液深度鑒定的需求。
每例血液樣本的鑒定能力
鑒定能力統計及低豐度蛋白的覆蓋率
·中低豐度蛋白功能分布在神經、炎癥、心血管等各大研究領域
除鑒定深度以外,大家一定對檢測到的蛋白種類和功能感興趣,中科新生命對檢出的中低豐度蛋白參與的生物學KEGG通路進行分析,結果顯示其覆蓋了神經、心血管、炎癥、腫瘤等各個領域的多種關鍵通路,因此無論您的樣本是用于腫瘤領域標志物研究、慢性疾病的發病進程研究,或是感染性疾病、神經精神類疾病的研究等,深度血液4D-DIA蛋白組均可以實現無偏向性的血液蛋白的覆蓋。
中低豐度蛋白功能分析
·血液大隊列研究優選方案:兼具超高穩定性與重復性
中科新生命自推出DIA蛋白質組學產品已來,已助力客戶發表DIA 項目文章超10篇,且建立了從色譜、質譜等多維質控體系,保證結果的高穩定性和高重復性。深度血液4D-DIA蛋白質組也采用DIA全息掃描模式,同樣具有超高的穩定性和重復性。
中科新生命的實測數據顯示,三次技術的定性重復性達90%,定量相關性達0.9,在色譜穩定性的評價中,多維度質控均達到了高標準的水平,進一步證實了結果的穩定性和可靠性。此外,深度血液4D-DIA蛋白質組與其他傳統血液蛋白組學的方法比較分析,也顯示出了其高穩定性的特色。如下圖所示,傳統去高豐度+DIA蛋白組的方法鑒定到的蛋白中約86%的蛋白均可在深度血液4D-DIA中檢測到。
重復性和穩定性分析
中科新生命自從推出DIA蛋白組學以來,已經完成了10000+樣本的質譜檢測,且樣本類型涉及血液、動植物組織、外泌體等多種類型,項目經驗豐富。現中科新生命助力發表的DIA文獻已達10篇有余,部分DIA客戶文獻請見下表。